• 東京篇
  
  主角緋村劍心流浪至東京，因為神谷薰的挽留而留在東京。其後認識了明神彌彥、相樂左之助及高荷惠等人，又與前幕府殺手鵜堂刃衛、御庭番眾首領四乃森蒼紫決鬥，其間劍心經歷了多次戰鬥，令劍心自覺慢慢變回昔日的劊子手拔刀齋（人斬り抜刀斎）。最後在與幕末時代的對手前新撰組第三小隊組長齋藤一決戰及得知志志雄一黨的陰謀後，獨自前往京都與志志雄一黨對決。（漫畫、電視動畫）
  
  京都篇
  
  前維新志士志志雄真實及他的同黨正在秘密活動，目的是推翻明治政府，由他帶領日本成為強國。劍心為了阻止志志雄的計劃得逞，獨自離開東京前往京都。後來劍心的同伴亦逐一趕到京都尋找劍心，劍心從師傅比古清十郎身上學會飛天御劍流的最終奧義「天翔龍閃」後，與其同伴相樂左之助及齋藤一、四乃森蒼紫聯手，終於打敗了志志雄一黨。（漫畫、電視動畫）
  
  漫畫及電視動畫的東京篇及京都篇在故事上大致相同。在京都篇完結後，由於當時漫畫只是剛開始連載人誅篇，跟不上電視動畫的製作進度，因此電視動畫另行製作了島原篇、勝海舟篇、由太郎篇（黑騎士團篇）及風水篇。但受到原作版本的讀者批評與原作版浪客劍心的世界觀相異，因此後期收視不太理想，在風水篇後便終止製作。
  
  追憶篇
  
  故事發生在劍心在幕末身為長州派維新志士時擔當劊子手的年代。故事講述劍心與偽妻子雪代巴的過去，解明了劍心左邊面頰的十字傷之謎。最後雪代巴不幸死於劍心的刀下。漫畫版的追憶篇連載於人誅篇初期劍心的回憶自述，而OVA則獨立講述劍心的過去。（漫畫、OVA）
  
  OVA版本的追憶篇內容雖然與漫畫原著並無太大出入，但其風格卻與之前的電視動畫版大大不同。徹底擺脫了少年漫畫的風格，特別是拔刀齋出招時其沒有像過往一般大喊出必殺技名稱，而一般很難於少年漫畫及電視動畫中出現的大量血花四濺的殘酷場面亦一一呈現。坊間對此等手法毀譽參半，例如其血腥露骨的場面可能不適合原作的主要讀者（小學生、中學生），但亦得到一班未看過原作的人追捧支持。而本作於日本海外評價亦相當高，在美國的銷售亦曾登上全年DVD銷售榜的第7位。
  
  人誅篇
  
  雪代巴之弟雪代緣當年親眼看到姐姐死於劍心的刀下，長大後集合了「六人同志」，向劍心展開復仇行動。由於雪代緣的陰謀，使劍心一度以為神谷薰被殺而意志消沈（神谷薰之死令當時少年JUMP周刊的讀者引起一陣回響）。最後劍心回復鬥志並打敗雪代緣，雪代緣持著其姊的日記消失在劍心等人面前。（漫畫）
  
  人誅篇連載時曾有傳言作者和月伸宏本來決定讓神谷薰真的被殺，但最后讓神谷薰繼續生存，亦以少年漫畫比較普遍的大團圓結局來結束這套漫畫。
  
  番外篇
  
  結束連載以後以SP模式連載兩個番外篇。 一是提到了結局之後眾人各自的新旅程，如左之助的世界一圈之旅到了蒙古。 二是彌彥以神谷活心流行俠仗義的活躍篇。
  
  星霜篇
  
      * 此篇乃是製作動畫小組自行產出的劇情，並非原作者和月的構想。
  
  星霜篇故事發生於人誅篇約十多年後，晚年的劍心與神谷薰同患上不治之症，劍心在甲午戰爭（日本稱為「日清戰爭」）時於中國失去記憶，最後左之助找到他並助他回到日本，最後劍心死於神谷薰的懷抱之中。故事前半主要以神谷薰的視點描述與劍心的往事，其間亦加插了少量人誅篇的回憶畫面。（OVA）
  
  星霜篇的故事及表達手法與過往浪客劍心的故事不同，整個故事洋溢著濃厚的哀怨氣氛，包括劍心與神谷薰患上了不治之症；劍心的兒子劍路為追尋父親昔日的影子而離家出走；而劍心則完全失去了劍客的風采，只憑著對神谷薰的思念尋找返回日本之路。星霜篇對人誅篇的故事作出了不一樣的描寫，例如刪減了雪代緣的伙伴及神谷活心流道場決戰的劇情等。.
  
  跟原作差距太大，不少讀者無法認同。

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